Икона написана в начале февраля 1572 года в Москве царскими мастерами по заказу Малюты Скуратова (Григория Лукьяновича Скуратова-Бельского). В русской иконописи это самый напряженный и трагический образ Богородицы. Отличительной его особенностью является изображение на полях святителей Петра (слева) и Ионы (справа), митрополитов Московских. Икона была привезена в Успенский монастырь преподобного Иосифа Волоцкого 2 марта 1572 году. В самый первый день прибытия икона явила чудесную силу – произошло исцеление одного из насельников монастыря, а свидетель этого чуда, пономарь, принял решение о монашестве.

Эту икону Малюта Скуратов прислал в монастырь как местную икону для надвратного каменного храма в честь Сретения Владимирской иконы Пресвятой Богородицы, который обещал построить, но не успел. После его смерти племянник Богдан Бельский дал монастырю вклад 100 рублей, на который он в 1589 году был построен храм во имя Владимирской–Волоколамской иконы Богородицы, но не над вратами, а около северо-западного угла Успенского собора. По описи монастырского имущества 1591 года Волоколамская икона Богородицы стояла в местном ряду иконостаса Успенского собора, справа от царских врат.   

Волоколамская икона была вывезена из обители в 1954 году и после реставрации находится в Центральном музее древнерусской культуры и искусства имени Рублева.

16 марта 2007 года в Иосиф-Волоцкий монастырь была привезена икона, написанная «в меру и подобие» древнего образа московским иконописцем С.И. Фоминым. Можно сказать, что новая икона получила своего рода благословение от древней: её освящали в музее Андрея Рублёва и прикладывали к чудотворному образу XVI века.